Quy trình tích hợp ozon gồm ba giai đoạn chính: tạo ozon, tiếp xúc và phản ứng, và khử ozon dư. Ozon có thể được sục vào nước tại các vị trí chiến lược như trước bộ lọc cơ học, trong bể phản ứng riêng, hoặc sau bộ lọc sinh học. Mỗi vị trí có mục tiêu khác nhau, như oxy hóa hợp chất hữu cơ, khử trùng hoặc tiêu diệt vi khuẩn và ký sinh trùng.

Quy trình vận hành yêu cầu giám sát chặt chẽ các chỉ số oxy hóa-khử (ORP) và sử dụng các thiết bị như máy tạo ozon và hệ thống khuếch tán để tối đa hóa khả năng hòa tan. Một bước quan trọng là khử ozon dư thừa, thường thông qua bể than hoạt tính hoặc chiếu đèn UV. Việc tích hợp ozon giúp cải thiện chất lượng nước, giảm tải cho bộ lọc sinh học và khử trùng hiệu quả mà không cần hóa chất, tạo môi trường lý tưởng cho tôm phát triển, nâng cao tỷ lệ sống và cải thiện hiệu suất chuyển đổi thức ăn (FCR). Tuy nhiên, việc vận hành hệ thống này không thiếu thách thức. Chi phí đầu tư và vận hành cao, cần kiểm soát chính xác liều lượng ozon, và đặc biệt là rủi ro đối với hệ vi sinh trong bộ lọc sinh học. Ozon có thể phá hủy các vi khuẩn có lợi, ảnh hưởng đến chu trình nitrat hóa. Do đó, công nghệ này đòi hỏi sự đầu tư về tài chính, thiết kế hệ thống thông minh và đội ngũ vận hành có trình độ kỹ thuật cao.