Song song đó, công tác chọn giống cũng được đẩy mạnh. Đề tài “Chọn giống cá tra G5” đang được thực hiện giai đoạn 2023-2025, với mục tiêu tạo thế hệ cá G5 tăng trưởng nhanh hơn 10% so với G4. Hiện đã sinh sản 120 gia đình G5, chuẩn bị chuyển giao cho sản xuất. Ngoài ra, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II cũng đang thực hiện đề tài “Chọn giống cá tra kháng bệnh gan thận mủ”, nhằm tạo thế hệ cá G2 có khả năng kháng bệnh cao hơn 5-7% so với thế hệ trước. Đến nay, đã sinh sản được 160 gia đình G2, đang tiến hành chọn lọc. Đáng chú ý, dự án chọn tạo giống cá tra chịu mặn do Trường Đại học Cần Thơ phối hợp với các đối tác Bỉ thực hiện, sau 5 năm đã sẵn sàng cung cấp giống chịu mặn, sinh trưởng nhanh cho người nuôi vùng ĐBSCL, giúp ngành cá tra thích ứng với tình trạng xâm nhập mặn ngày càng gia tăng. Những kết quả này mở ra triển vọng lớn cho ngành cá tra trong nâng cao chất lượng giống, đáp ứng yêu cầu khắt khe từ thị trường và thích ứng với biến đổi khí hậu.