Ngày 04/02/2016, Hiệp định Đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP) đã chính thức được ký kết giữa 12 nước, gồm Úc, Brunei, Canada, Chile, Nhật Bản, Malaysia, Mexico, New Zealand, Peru, Singapore, Hoa Kỳ và Việt Nam, có quy mô kinh tế chiếm 40% GDP và 30% thương mại toàn cầu. 

Theo Bộ Tài chính, các nước tham gia TPP xóa bỏ thuế nhập khẩu cho hàng hóa của của các thành viên. Đặc biệt, thị trường Nhật Bản cũng cam kết xóa bỏ thuế nhập khẩu đối với 86% số dòng thuế, chiếm 93,6% kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam sang Nhật Bản, tương đương 10,5 tỷ USD (dựa trên số liệu kim ngạch thương mại năm 2014).

Đối với nông sản từ Việt Nam, Nhật Bản không cam kết mặt hàng gạo và áp dụng hạn ngạch thuế quan hoặc cắt giảm một phần hoặc cam kết kèm theo các biện pháp phòng vệ thương mại đối với một số mặt hàng nhạy cảm như thịt trâu bò, thịt lợn, sữa, sản phẩm sữa, lúa mỳ, lúa gạo và các chế phẩm phẩm của chúng.

Nhiều mặt hàng ưu tiên của Việt Nam được rút ngắn đáng kể lộ trình so với cam kết tại Hiệp định FTA Việt Nam – Nhật Bản như đa số mặt hàng thủy sản có thế mạnh của VN được hưởng thuế suất 0% ngay sau khi Hiệp định có hiệu lực như các mặt hàng cá ngừ vây vàng, cá ngừ sọc dưa, cá kiếm, một số loài cá tuyết, surimi, tôm, cua ghẹ... Toàn bộ các dòng hàng thủy sản không cam kết xóa bỏ thuế trong FTA Việt Nam – Nhật Bản sẽ được xóa bỏ trong TPP với lộ trình xóa bỏ vào năm thứ 6, năm thứ 11 hoặc năm thứ 16 kể từ khi Hiệp định có hiệu lực.

Đối với mặt hàng rau quả, Nhật Bản cam kết mức thuế 0% vào năm thứ 3 hoặc năm thứ 5 kể từ khi Hiệp định có hiệu lực. Mặt hàng mật ong sẽ được xóa bỏ thuế vào năm thứ 8.

Trong khi đó, đối với mặt hàng giày dép thì 79,5 % kim ngạch các xóa bỏ thuế vào năm thứ 10 và các mặt hàng còn lại (giày da) sẽ xóa bỏ thuế suất vào năm thứ 16. Mặt hàng vali, túi xách bằng da sẽ được xóa bỏ thuế vào năm thứ 16.

Bên cạnh đó, đối với mặt hàng dệt may thì 98,8% số dòng thuế sẽ xóa bỏ thuế ngay khi Hiệp định có hiệu lực, tương đương 97,2% kim ngạch xuất khẩu mặt hàng này của Việt Nam sang Nhật Bản. Những mặt hàng còn lại sẽ có lộ trình xóa bỏ thuế vào năm thứ 10.